公积金还款日余额不足会有二次扣款的，在还款日当天，公积金系统会有两次扣款失败，分别是上午和下午。
除此之外，公积金中心有规定，如果借款人的公积金贷款上一期为正常还款状态，在合同约定还款日次日，给予一次补扣机会，若是扣划再次失败，贷款状态在补扣日当日转为逾期，并自补扣日按最低还款额开始计收罚息。
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也就是说，借款人如果上期还款是正常的，那么到了本期公积金还款日，还款卡余额不足，第二天公积金系统会进行二次补扣。只要补扣成功，就不属于逾期。
公积金系统的扣款时间暂时是没有固定的，但是也有一定的规律遵循。如果连续几个月，借款人的公积金贷款都在同一个时间扣款成功，那么后续基本上也不会有太大的变动。
公积金扣款方式总共有三种：
1、银行卡扣款
借款人绑定一张银行卡为还款卡，到了还款日系统会从绑定的银行卡里面扣款。
2、公积金账户余额扣款
系统会在借款人贷款的公积金账户内，每个月，或者每年进行扣款还款。这种还款方式也被称为公积金对冲还款。借款人在申贷时，就需要委托银行提取个人公积金账户余额里的钱去还贷款月供。
3、提取公积金账户的钱还款
还房贷期间是可以从公积金账户里面提取资金还房贷的，比如你每年从公积金里面提取一次，用来提前还房贷。
公积金扣款夫妻可以一起扣吗?
公积金扣款夫妻不可以一起扣，因为公积金扣款是按一定的顺序进行的，具体如下：
1、主贷人公积金扣款
主贷人是贷款合同中的主要借款人，负责还款义务。因此，代扣银行会优先从主贷人的公积金账户扣除当月还款金额。主贷人的公积金账户余额足够支付当月还款金额，不会启用次贷人的扣款，也不会再进行扣款。
2、次贷人公积金扣款
如果主贷人的公积金账户余额不足以支付当月还款金额，代扣银行会从次贷人的公积金账户扣款。次贷人是贷款合同中的辅助借款人，其公积金账户可以作为补充支付来源。
3、主贷人银行卡扣款
如果主贷人和次贷人的公积金账户余额都不足以支付当月还款金额，代扣银行会从主贷人的银行卡扣款。这是为了确保还款的顺利进行，尽可能避免逾期情况。
4、次贷人银行卡扣款
如果前面的方式都没还清当月还款金额，代扣银行最后会从次贷人的银行卡扣款。如果次贷人银行卡里资金也足以支持本次扣款，则夫妻双方的公积金贷款都会逾期。
