所谓鹬蚌相争、渔翁得利，老二察合台和老大术赤斗争得剧烈，于是好人缘的老三窝阔台就得了好处，这恐怕只是表面原因吧。无疑，将窝阔台推上位的察合台，不仅激得术赤主动丧失了继承权，而且察合台自己在窝阔台继位后享有着仅次于大汗的权力，粗暴莽撞的老二察合台并非像他表面看上去那样粗暴莽撞。
察合台和术赤的矛盾长久存在，乃至于勒兵相攻，让成吉思汗很是担心。有一天，当成吉思汗当着儿子们的面，问起自己身后该由谁继承大汗之位时，察合台首先出言不逊，跳出来道：“反正儿子是不能侍奉术赤这个蔑儿乞人的野种。”术赤大怒，一把揪住察合台道：“我是父亲的儿子，你怎么敢这样放肆。你又有什么本事，无论拉弓射箭、骑术武艺，你哪样比得了我。不信，我们出去单挑过！”察合台却表情轻蔑，不为所动。
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的确，比起粗暴的察合台，术赤无论行军打仗，还是个人武艺都要强得多，而且很得部下人心。但是，最大的问题在于，术赤是孛儿帖（成吉思汗第一帐大皇后）被蔑儿乞人掳去后所生，他的血统，连成吉思汗都不能肯定。
成吉思汗见到二人相争，想起那段屈辱的往事，很不高兴。其手下的大臣也对察合台劝道：“二殿下说出这样的话，该让你的母亲多么伤心啊？”成吉思汗这才说道：“察合台，今后不许再说这样的话。术赤是我的儿子，我与他的父子恩义与你们并无不同。”
察合台却道：“我认为父亲的大汗之位，只有德行才能兼优的人才能胜任。三弟窝阔台本领出众，又能和睦兄弟，只有他继位，我甘愿为他牵马坠蹬。”他又对术赤激道：“怎么样？大汗之位我可以不要，你怎么说？”一时间无法下台的术赤只得道：“若是窝阔台，我没有异议。”
就这样，由窝阔台当成吉思汗继承人的事儿被定了下来。
在蒙古草原，一直流传这幼子守灶的制度，即由最小的儿子继承父亲最多的遗产。成吉思汗虽然答应把大汗之位传给窝阔台，但却在他生前先处置了自己的产业，他把蒙古本部以及自己绝大部分的部众都分给了自己的小儿子拖雷，造成一种奇怪的局面：虽然窝阔台是成吉思汗明确的大汗继承人，但成吉思汗手下的将领和军队，却大多都成为了拖雷的部众。
当成吉思汗一死，这种矛盾就爆发了。诸将多拥立拖雷继位，而成吉思汗让窝阔台当大汗继承人的遗命却在那里。世间传言，拖雷尊敬兄长，为人谦厚，甚至后来在窝阔台重病时，向天祈祷，愿意代窝阔台而死。然而，此时的拖雷，却完全不是这种表现，他沉默不语，对诸将对他的拥戴并不表示反对或推辞，窝阔台在诸将强大势力的相逼下，陷入了极为尴尬的境地。
此时，却又是他们的二哥察合台站了出来，首先站在的窝阔台一边，再加上成吉思汗幼弟此时发话了，说要遵循成吉思汗的遗训。由此，窝阔台才得以顺利继位。
后来，拖雷为窝阔台的天下屡立大功，却在窝阔台一次重病时，向上天祈祷，不明不白的代窝阔台而死。而粗暴的察合台，因为拥立窝阔台之功，终身享有窝阔台极大的信任，在窝阔台朝中几乎是一言九鼎。
窝阔台在拖雷死后，又一度逼迫拖雷之妻唆鲁禾帖尼嫁给自己的儿子贵由，被唆鲁禾帖尼以儿子年幼而拒绝。让人不可思议的是，她这些儿子中，后来居然成长出四个帝王级的人物来，分别是之后继承蒙古大汗位的蒙哥、元世祖忽必烈、伊儿汗国开国者旭烈兀、以及一度被众人拥立的蒙古大汗阿里不哥。
好吧，当窝阔台继位时，被远封在里海附近的术赤已经去世，但他这一系与他弟弟们各系的恩怨情仇却在延续。
总体情况是，术赤系逐渐向拖雷系靠拢，一同反对着察合台系和窝阔台系的联合。这种斗争，一直持续到元朝建立后，然而在忽必烈建立元朝时，庞大的蒙古汗国早已经分裂，当时大概分裂为：钦察汗国（术赤系）、察合台汗国、窝阔台汗国、伊儿汗国（忽必烈弟旭烈兀所建）、元朝以及阿里不哥（忽必烈幼弟）在蒙古本部的势力。
无疑，蒙古大汗国在窝阔台统治时期，势力最为庞大，至少在表面是统一的。窝阔台发动了又一次更远的西征，兵锋直达今天波兰境内。因为窝阔台突然去世，其子贵由赶回去继位，这场西征戛然而止。在这场西征中，术赤之子拔都和窝阔台的太子贵由又产生了巨大矛盾。贵由继位为蒙古大汗后，就想着怎么去征讨拔都，而忽略了他背后隐藏着的拖雷遗孀唆鲁禾帖尼等人。
贵由在出征途中莫名其妙死去（据说是被拔都派人毒死），一直隐忍的唆鲁禾帖尼此时站了出来，她要将自己的儿子蒙哥扶上大汗之位。在那场遥远的西征中，蒙哥和拔都建立了良好的关系，于是拔都力挺拖雷系的蒙哥继承蒙古大汗位，从而排挤窝阔台、察合台二系势力，于是遭到二系强烈反对。然而，蒙哥继位已经是大势所趋，二系没有更好的办法，只能暂且退避。即便如此，蒙古大汗国已经发生了第一次分裂。
后来，蒙哥死于钓鱼城，忽必烈与阿里不哥为大汗位而兄弟相争，蒙古汗国进一步分裂，因此到后来，元朝皇帝虽然享有蒙古大汗之名，却实际上根本无法统领诸汗国。
在成吉思汗子孙各系的剧烈斗争中，窝阔台系最先衰落，被紧邻他的察合台汗国所灭，而察合台汗国，相比元朝、钦察汗国、伊儿汗国，也是势力相对弱小的。无疑，成吉思汗幼子拖雷的子孙最强盛，分别建立了元朝和伊儿汗国。
